左金丸抗幽门螺杆菌感染的分子网络调控机制研究

目的基于网络药理学和生物信息学方法探究左金丸抗幽门螺杆菌(Hp)感染的分子网络调控机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索左金丸化学成分,筛选并预测其入血活性成分和作用靶点,检索疾病数据库中与Hp感染相关的作用靶点,构建左金丸成分靶点与疾病靶点的交互网络,获得左金丸抗Hp的特征性基因;通过DAVID6.8数据库对上述特征性基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;利用Cytohubba筛选出左金丸抗Hp感染的关键靶点。结果通过TCMSP筛选、预测得到左金丸32个入血活性成分和197个作用靶点。GO分析共得到199条富集结果,其中生物过程包含炎症反应、RNA信号转录、信号传导等152条,细胞组分包含细胞核、细胞外基质、蛋白复合物等19条,分子功能包含细胞因子活性、DNA结合、ATP结合等28条。KEGG分析结果显示,Jak-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、细胞周期信号通路、Wnt信号通路等65条通路与左金丸抗Hp感染密切相关。经Cytohubba筛选得到CXCL8、IL10、IL4、VEGFA、MMP9等10个关键基因。结论左金丸抗Hp感染具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,可为其活性成分研究和抗Hp药效及机制研究提供依据。     

丹参治疗微循环障碍作用机制的“成分-靶点-通路”多层次互作网络模型研究

目的基于网络药理学分析丹参治疗微循环障碍的分子生物学机制。方法借助TCMSP、PubChem Search、Genecards数据库和Swiss target prediction在线工具得到丹参的活性成分治疗微循环障碍的作用靶标,利用Cytoscape 3.3.0软件构建丹参活性成分-微循环障碍作用靶标网络,通过STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)生物学过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从丹参中共筛选出治疗微循环障碍的65个相关活性成分,并发现微循环障碍相关的9个关键靶点。GO和KEGG通路富集分析发现,丹参治疗微循环障碍可能与氧化还原、钙离子稳态等生物过程有关,能够调节血管内皮生长因子信号通路、神经突触信号传导、催产素信号通路、醛固酮-调节钠重吸收等信号通路。结论丹参治疗微循环障碍体现了多成分、多靶点、多途径的作用特点,为进一步开展丹参治疗微循环障碍作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学的济脉通片降压机制研究

目的 采用网络药理学阐明济脉通片多成分-多靶点-多途径的作用理念，为进一步研究济脉通片降压药效物质基础和机制提供一定理论参考。方法 通过TCMSP数据库，结合口服利用度（≥ 30%）和类药性分析（≥ 0.18）参数，筛选济脉通片的活性成分；通过Drugbank和TCMSP数据库进行靶点预测分析；通过GENCARD数据库筛选出高血压疾病相关基因；结合DAVID和KEGG数据库进行GO分析和通路分析；使用Cystoscope软件构建"化合物-靶点-作用通路"网络图。结果 经筛选后得到济脉通片的33个化合物，148个潜在靶基因并映射到了223条信号通路，其中31条信号通路与高血压的发生发展密切相关，其中AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、PI3K-Akt signaling pathway、TNFsignaling pathway、Adrenergic signaling in cardiomyocytes和Focal adhesion为重要的通路枢纽。结论 济脉通片主要通过多成分、多靶点、多通路调节血管内皮功能、炎症反应、钙钠离子转运、糖脂代谢等参与血管舒张、改善炎症、调节机体代谢、调节离子转运等而产生降压作用。     

黄芪-莪术药对基于网络药理学的抗大肠癌分子机制

目的:运用计算机网络药理学技术预测黄芪-莪术药对治疗大肠癌的作用靶点和信号通路,进一步分析其抗大肠癌物质基础和作用机制。方法:通过Therapetutic Target Database(TTD),Drugbank数据库收集大肠癌疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得黄芪、莪术所含中药成分;运用Chem Mapper,Pharm Mapper数据库预测所选中药成分作用的疾病靶点;采用Cytoscape软件建立"化合物-疾病靶点"网络模型;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:黄芪-莪术药对活性化合物-大肠癌疾病靶点网络包含56个化合物和54个靶点,关键靶点涉及AMP激活蛋白激酶α1(PRKAA1),前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1),环氧化酶2(PTGS2),胸苷酸合成酶(TYMS),肝羧酯酶1(CES1),血管内皮生长因子B(VEGFB),血管内皮生长因子A(VEGFA),谷胱甘肽S-转移酶P(GSTP1),丝氨酸羟甲基转移酶(gly A)等;靶点的基因功能偏向于肽基酪氨酸的磷酸化,调节细胞外调节蛋白激酶(ERK) 1和ERK2信号串联,内皮细胞凋亡过程的负调节等;重要的KEGG通路涉及癌症通路,Ras信号通路,Rap1信号通路,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:黄芪-莪术药对通过抑制肿瘤细胞增殖分化、促进肿瘤细胞凋亡、抗肿瘤新生血管生成以及增强机体免疫的多表型干预的网络模式产生抗大肠癌活性,其作用信号通路与Ras信号通路,Rap1信号通路,PI3K/Akt信号通路最为相关。     

基于网络药理学挖掘溃疡性结肠炎“扶正”治则的潜在机制

目的:通过数据库检索与网络药理学方法探讨溃疡性结肠炎"扶正"治则的潜在机制。方法:从中医E百数据库检索溃疡性结肠炎相关方剂,检索方式为"主治肠澼/久痢/痢疾",筛选所检索到的处方并进行药物种类、用药频次统计分析,选择溃疡性结肠炎治疗的常用扶正药物。将选择后的扶正药物输入中药系统药理学分析平台检索所有化学成分和作用靶点,构建化合物-靶点相互作用网络图;通过Digsee数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点,构建疾病-靶点相互作用网络图;筛选两个网络图的核心靶点,利用DAVID工具对核心靶点进行富集分析。结果:数据库共检索到溃疡性结肠炎相关方剂731首,根据纳入、排除标准筛选后获得处方304首,中药220味,经用药频次统计后,以甘草、人参、白术为溃疡性结肠炎扶正治则的代表药物。基于药代动力学ADME参数对上述药物的化学成分进行筛选和靶标预测,共得到136个蛋白靶点;将化合物-靶点、疾病-靶点的蛋白质—蛋白质相互作用网络图合并,以"节点连接度""节点介度"和"节点紧密度"为评价标准,筛选共有靶点129个;对入选靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以P值筛选出前20条通路在溃疡性结肠炎方面具有作用。结论:扶正药物治疗溃疡性结肠炎作用的发挥是多靶点、多通路的整体效应,挖掘了溃疡性结肠炎扶正治则的潜在机制,为进一步实验研究提供了理论基础。     

藿香正气汤抑制新型冠状病毒复制过程的有效成分及机制初探＊

目的 收集藿香正气汤的主要活性成分，通过分子对接及网络药理学探讨其防控新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的有效成分及治疗机制。方法 通过基于配体-蛋白质相互作用的计算方法，以瑞德西韦为对照，探索藿香正气汤潜在治疗COVID-19的成分，并选出对接较好成分进行药理学机制预测，初探其药理学机制。结果 本研究筛选出5种与新冠病毒3CLpro结合能力强于瑞德西韦的小分子成分。网络药理学初步预测抗病毒途径可能是通过PI3K-Akt 信号通路影响病毒复制。结论 成分C1-C5与3CLpro结合良好，推测其可能是潜在的3CLpro的抑制剂，为抗病毒天然药物的开发提供了理论依据。     

Pro-equity immunization and health systems strengthening strategies in select Gavi-supported countries

BackgroundAchieving universal immunization coverage and reaching every child with life-saving vaccines will require the implementation of pro-equity immunization strategies, especially in poorer countries. Gavi-supported countries continue to implement and report strategies that aim to address implementation challenges and improve equity. This paper summarizes the first mapping of these strategies from country reports.MethodsThirteen Gavi-supported countries were purposively selected with emphasis on Gavi’s priority countries. Following a scoping of different documents submitted to Gavi by countries, 47 Gavi Joint Appraisals (JAs) for the period 2016–2019 from the 13 selected countries were included in the mapping. We used a consolidated framework synthesized from 16 different equity and health systems frameworks, which incorporated UNICEF’s coverage and equity assessment approach – an adaptation of the Tanahashi model. Using search terms, the mapping was conducted using a combination of manual search and the MAXQDA qualitative analysis tool. Pro-equity strategies meeting the inclusion criteria were identified and compiled in an Excel database, and then populated on a tableau visualization dashboard.ResultsIn total, 258 pro-equity strategies were implemented by the 13 sampled Gavi-supported countries between 2016 and 2019. The framework determinants of social norms, utilization, and management and coordination accounted for more than three-quarters of all pro-equity strategies implemented in these countries. The median number of strategies reported per country was 17. Afghanistan, Nigeria, and Uganda reported the highest number of strategies that we considered as pro-equity.ConclusionFindings from this mapping can be useful in addressing equity gaps, reaching partially immunized, and ‘zero-dose’ vaccinated children, and valuable resource for countries planning to implement pro-equity strategies, especially as immunization stakeholders reimagine immunization delivery in light of COVID-19, and as Gavi finalizes its fifth organizational strategy. Future efforts should seek to identify pro-equity strategies being implemented across additional countries, and to assess the extent to which these strategies have improved immunization coverage and equity.     

基于网络药理学和分子对接探讨预防肺疾一号方预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制＊

目的 从分子层面探讨预防肺疾一号方预防新型冠状病毒肺炎的作用机制，并探索预防肺疾一号方的潜在治疗靶点。方法 利用TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库筛选预防肺疾一号方的化合物成分，在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别，然后使用David软件对靶点进行GO富集及KEGG通路富集分析，利用iGEMDOCK软件进行分子对接分析。结果 通过网络药理学方法分析预防肺疾一号方的6味中药，发现其有效化学成分有58个，对应47个作用靶点；通过GO分析靶点富集出81个生物学过程、26个细胞组成及31个分子功能；通过KEGG分析得出靶点显著富集的信号通路有35条；分子对接分析得出，靶点CAT和化合物Daidzein-4，7-diglucoside的结合度最高。结论 预防肺疾一号方具有多成分、多靶点的作用特点，并通过参与多种生物过程，调控多条信号通路以预防新型冠状病毒肺炎并发挥其药理疗效。     

基于网络药理学的藏药二十五味肺病丸防治新冠病毒肺炎(COVID-19)可行性分析及机制探讨＊

目的 采用网络药理学方法探究藏药二十五味肺病丸防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19 ）的可行性分析及机制探讨。方法 基于课题组藏药大复方的研究经验，通过文献调研，筛选出二十五味肺病丸专属性、特征性化合物，并通过Chemical book数据库以及TCMSP数据库进行验证，确定二十五味肺病丸有效物质成分。将筛选出的成分通过Swiss Target Prediction数据库进行靶点筛选，进而运用Cytoscape软件构建药物-化合物-靶点（基因）网络进行可视化。运用CTD数据库查询与疾病COVID-19 相关的靶点，找出与二十五味肺病丸共有的靶点，将共有基因导入STRING数据库生成蛋白互作网络，并通过DAVID数据库进行KEGG通路富集分析和GO功能富集分析，预测藏药二十五味肺病丸的作用机制。结果 经筛选藏药二十五味肺病丸中檀香、悬钩木、山柰、红花、獐牙菜、甘草、藏木香、宽筋藤等19种药材被纳入到研究中。药材-化合物-靶点网络包含了19种药材，38个化合物和相应靶点419个。通过CTD数据库查询到COVID-19 疾病相关靶点基因472个，与二十五味肺病丸共有靶点基因77个，分别为ESR1、NOS2、PPARG、PTGS2、PPARA、HMGCR、CYP17A1、NR1H4、TLR9等。通过网络拓扑和蛋白互作网络分析筛选出关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR等。GO功能富集分析得到339条生物过程条目（BP），45条细胞组成条目（CC）和81条分子功能条目（MF）。KEGG通路富集分析筛选得到102条信号通路，包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、甲型流感、胰腺癌、T细胞受体信号通路等。结论 二十五味肺病丸可能通过作用于PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR相关靶点并通过相关肺病通路、炎症通路、免疫通路对COVID-19起到防治作用。